Kursplan för

Bioinformatik
Bioinformatics

KBKN10, 7,5 högskolepoäng, A (Avancerad nivå)

Gäller för: Läsåret 2018/19
Beslutad av: Programledning B/K
Beslutsdatum: 2018-03-21

Allmänna uppgifter

Huvudområde: Bioteknik.
Alternativobligatorisk för: MBIO1
Valfri för: B4-mb
Undervisningsspråk: Kursen ges på begäran på engelska

Syfte

Kursens syfte är att ge teoretisk kunskap i bioinformatik och dess möjligheter. Syftet är också att ge praktiska färdigheter i att söka information i bioinformatiska databaser och i att använda bioinformatiska verktyg.

Mål

Kunskap och förståelse
För godkänd kurs skall studenten

Färdighet och förmåga
För godkänd kurs skall studenten

Värderingsförmåga och förhållningssätt
För godkänd kurs skall studenten

Ha nödvändiga kunskaper för att i yrkesrollen kunna finna basal bioinformtikinformation och kunna praktiskt använda basala bioinformatikverktyg.

Kursinnehåll

Kursen omfattar kunskaper om bioinformatiska databaser, dito sökning och verktyg som predikterar en nukleotid- eller aminosyrasekvens biokemiska eller molekylärbiologiska egenskaper, funktioner etc. Begrepp som FASTA format, BLAST, archival & curated database, accession number, cross reference, data base field, boolean qualifiers, In silico, alignment, algorithm, Hidden Markov Model, Neural Networks, cluster, fylogenetiska träd, fenetisk och kladistisk jämförelse, bootstrapping, gap penalties, substitutionsmatriser, homologimodellering, treadening modellering och Ab Initio modellering tas upp. En orientering om systembiologi och syntetisk biologi ges.

Exempel på övningar är: databassökning (både med sökord och sökning av sekvenser som liknar en känd sekvens) samt tolkning av sökresultatet, fylogenetisk utvärdering av sannolikheten för att en tandläkare smittat sina patienter med HIV, teoretisk utveckling av en analysmetod för att bestämma könet på en människa med hjälp av PCR, samt övning i proteinmodulering.

Kursens examination

Betygsskala: TH - (U,3,4,5) - (Underkänd, Tre, Fyra, Fem)
Prestationsbedömning: Skriftlig och problemorienterad hemtentamen. Rapport från datorövningar.

Om så krävs för att en student med varaktig funktionsnedsättning ska ges ett likvärdigt examinationsalternativ jämfört med en student utan funktionsnedsättning, så kan examinator efter samråd med universitetets avdelning för pedagogiskt stöd fatta beslut om alternativ examinationsform för berörd student.

Antagningsuppgifter

Förutsatta förkunskaper: KBKF01/KBK041 Genteknik
Begränsat antal platser: Nej
Kursen överlappar följande kurser: KBK075

Kurslitteratur

Kontaktinfo och övrigt

Kursansvarig: Forskare Johan Svensson-Bonde, Johan.Bonde@tbiokem.lth.se
Hemsida: http://www.tbiokem.lth.se