Gäller för: Läsåret 2016/17
Beslutad av: Utbildningsnämnd C
Beslutsdatum: 2016-04-12
Huvudområde: Bioteknik.
Alternativobligatorisk för: MBIO1
Valfri för: B4-mb
Undervisningsspråk: Kursen ges på begäran på engelska
Kursens syfte är att ge teoretisk kunskap i bioinformatik och dess möjligheter. Syftet är också att ge praktiska färdigheter i att söka information i bioinformatiska databaser och i att använda bioinformatiska verktyg.
Kunskap och förståelse
För godkänd kurs skall studenten
Färdighet och förmåga
För godkänd kurs skall studenten
Värderingsförmåga och förhållningssätt
För godkänd kurs skall studenten
Ha nödvändiga kunskaper för att i yrkesrollen kunna finna basal bioinformtikinformation och kunna praktiskt använda basala bioinformatikverktyg.
Kursen omfattar kunskaper om bioinformatiska databaser, dito sökning och verktyg som predikterar en nukleotid- eller aminosyrasekvens biokemiska eller molekylärbiologiska egenskaper, funktioner etc. Begrepp som FASTA format, BLAST, archival & curated database, accession number, cross reference, data base field, boolean qualifiers, In silico, alignment, algorithm, Hidden Markov Model, Neural Networks, cluster, fylogenetiska träd, fenetisk och kladistisk jämförelse, bootstrapping, gap penalties, substitutionsmatriser, homologimodellering, treadening modellering och Ab Initio modellering tas upp. En orientering om systembiologi och syntetisk biologi ges.
Exempel på övningar är: databassökning (både med sökord och sökning av sekvenser som liknar en känd sekvens) samt tolkning av sökresultatet, fylogenetisk utvärdering av sannolikheten för att en tandläkare smittat sina patienter med HIV, teoretisk utveckling av en analysmetod för att bestämma könet på en människa med hjälp av PCR, samt övning i proteinmodulering.
Betygsskala: TH
Prestationsbedömning: Skriftlig och problemorienterad hemtentamen. Godkänd rapport från datorövningar.
Förutsatta förkunskaper: KBK041 Genteknik
Begränsat antal platser: Nej
Kursansvarig: Forskare Johan Svensson-Bonde, Johan.Bonde@tbiokem.lth.se
Hemsida: http://www.tbiokem.lth.se