Kursplan för läsåret 2010/2011
(Genererad 2010-06-28.)
BIOINFORMATIKKBK075
Bioinformatics

Antal högskolepoäng: 7,5. Betygsskala: TH. Nivå: A (Avancerad nivå). Huvudområde: Teknik. Undervisningsspråk: Kursen ges på begäran på engelska. Alternativobligatorisk för: MBIO1. Valfri för: B4mb, B4pt. Kursansvarig: Projektforskare Peter Olsson, Peter.Olsson@tbiokem.lth.se, Tillämpad biokemi. Förkunskapskrav: KBK041 Genteknik. Prestationsbedömning: Skriftlig och problemorienterad hemtentamen. Godkänd rapport från datorövningar. Hemsida: http://www.tbiokem.lth.se.

Syfte
Kursens syfte är att ge teoretisk kunskap i bioinformatik och dess möjligheter. Syftet är också att ge praktiska färdigheter i att söka information i bioinformatiska databaser och i att använda bioinformatiska verktyg.

Mål

Kunskap och förståelse
För godkänd kurs skall studenten

Färdighet och förmåga
För godkänd kurs skall studenten

Värderingsförmåga och förhållningssätt
För godkänd kurs skall studenten

Ha nödvändiga kunskaper för att i yrkesrollen kunna finna basal bioinformtikinformation och kunna praktiskt använda basala bioinformatikverktyg.

Innehåll
Kursen omfattar kunskaper om bioinformatiska databaser, dito sökning och verktyg som predikterar en nukleotid- eller aminosyrasekvens biokemiska eller molekylärbiologiska egenskaper, funktioner etc. Begrepp som FASTA format, BLAST, archival & curated database, accession number, cross reference, data base field, boolean qualifiers, In silico, alignment, algorithm, Hidden Markov Model, Neural Networks, cluster, phylogenetiska träd, phenetisk och cladistisk jämförelse, bootstrapping, gap penalties, substitutionsmatriser, homologimodellering, treadening modellering och Ab Initio modellering tas upp. En orientering om systembiologi och syntetisk biologi ges.

Exempel på övningar är: databassökning (både med sökord och sökning av sekvenser som liknar en känd sekvens) samt tolkning av sökresultatet, phylogenetisk utvärdering av sannolikheten för att en tandläkare smittat sina patienter med HIV, teoretisk utveckling av en analysmetod för att bestämma könet på en människa med hjälp av PCR, samt övning i proteinmodulering.

Litteratur
Arthur M. Lesk Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press,2005
ISBN 0 19 9277877
Datorövningskompendium