Omik - analys av storskaliga biomolekylära dataset
Omics - Analysis of Large-scale Biomolecular Datasets

KIMN20, 7.5 högskolepoäng, A (Avancerad nivå)

Gäller för: 2025/26
Fakultet: Lunds tekniska högskola
Beslutad av: Programledning B/K
Beslutsdatum: 2025-04-07
Ikraftträdande: 2025-05-05

Allmänna uppgifter

Huvudområde: Bioteknik Fördjupning: Avancerad nivå, kurs/er som inte kan klassificeras
Valfri för: B5-mb, K5, MBIO2, MLAK2
Undervisningsspråk: Kursen ges på engelska

Syfte

Syftet med kursen är att ge basala kunskaper om och en bred förståelse för användning av olika typer av storskaliga parallella molekylära analystekniker, så kallad "omik" och de data som genereras av teknikerna.

Mål

Kunskap och förståelse
För godkänd kurs skall studenten

• kunna beskriva de grundläggande metoderna för genomik, transkriptomik, proteomik och metabolomik samt metoder för motsvarande analyser av enskilda celler och analyser med rumslig upplösning.
• kunna beskriva hur omikmetoder kan användas inom biologiska och medicinska tillämpningar.
• kunna beskriva möjligheter och begränsningar för användning av omikmetoder.
• kunna beskriva hur omik kan användas för att förstå funktion hos olika biologiska system.
• kunna översiktligt redogöra för de vanligaste formaten av omikdata.
• kunna beskriva möjligheter och utmaningar avseende integration av data från flera olika omikexperiment.
• kunna reflektera över kvalitativa aspekter hos omikmetoder och hur experimentell uppställning och dataanalysstrategier kan påverka resultatet av analyserna.

Färdighet och förmåga
För godkänd kurs skall studenten

• kunna genomföra grundläggande analyser av omikdata.
• kunna hantera kvantitativa resultatmatriser från omikexperiment programmatiskt.
• kunna presentera kvantitativ omikanalys på ett formellt korrekt sätt i en rapport.

Värderingsförmåga och förhållningssätt
För godkänd kurs skall studenten

• kunna värdera olika omikteknikers möjligheter att besvara biologiska frågeställningar.

Kursinnehåll

Kursen kommer att inkludera föreläsningar som täcker:

• Tekniker för genomik-, transkriptomik-, proteomik- och metabolomikanalyser 
• Hantering och analys av data från omikexperiment
• Funktionella analyser och biomarkörupptäckt
• Integration av omikdata från olika experiment
• Tekniker för omikanalys av enskilda celler samt rumsligt upplösta analyser

Kursen kommer också inkludera:

• Studiebesök på infrastruktur för omikanalys
• Datorlaborationer inom bearbetning och analys av omikdata
• Ett omikdatanalysprojekt

Kursens examination

Betygsskala: TH - (U, 3, 4, 5) - (Underkänd, Tre, Fyra, Fem)
Prestationsbedömning:

Närvaro vid obligatoriska föreläsningar och aktivt deltagande i obligatoriska laborationer och projekt. Rapportering av laborationer och projekt. Ordinarie tentamen är skriftlig. Omtentamen är skriftlig eller enskild muntlig (definieras av examinatorn). Det slutgiltiga betyget baseras på den skriftliga eller muntliga tentamen.

Om så krävs för att en student med varaktig funktionsnedsättning ska ges ett likvärdigt examinationsalternativ jämfört med en student utan funktionsnedsättning, så kan examinator efter samråd med universitetets avdelning för pedagogiskt stöd fatta beslut om alternativ examinationsform för berörd student.

Moduler
Kod: 0124. Benämning: Praktiska moment.
Antal högskolepoäng: 3.0. Betygsskala: UG - (U, G). Prestationsbedömning: Datorlaborativt arbete och rapportering av detta. Aktivt deltagande i projekt-sessioner, inklusive avrapportering. Modulen omfattar: Datorlaborativt arbete och rapportering av detta. Laborationerna kommer att innehålla metoder som används vid behandling och analys av omikdata. Projektarbete. Projekten kommer innefatta analys av omikdata and litteratur.
Kod: 0224. Benämning: Teoretiska moment.
Antal högskolepoäng: 4.5. Betygsskala: TH - (U, 3, 4, 5). Prestationsbedömning: Deltagande vid obligatoriska föreläsningar och studiebesök. Skriftlig eller muntlig examination. Modulen omfattar: Föreläsningar och studiebesök rörande omik

Antagningsuppgifter

Förkunskapskrav:

• ((EXTA70 Cellens biologi eller KBK011 Biokemi eller KBKA05 Teknisk biologi eller KBKA10 Biokemi eller KBKF05 Cellbiologi eller KBKF15 Biokemi eller TEK295 Cellens biologi) och EDAA70 Inledande programmering med Python) eller KBTN20 Molekylär bioteknik

Kurslitteratur

• Kurslitteraturen består av föreläsnings- övnings- och laborationsmaterial som uppdateras årligen. Utöver detta finns i materialet ett urval referenser och länkar till ytterligare läsning som är fritt tillgängliga.

Kontaktinfo

Kursansvarig: Fredrik Levander, fredrik.levander@immun.lth.se
Lärare: Peter Spégel, peter.spegel@chem.lu.se
Examinator: Fredrik Levander, fredrik.levander@immun.lth.se
Studierektor: Kathrin Zeller, kathrin.zeller@immun.lth.se